Les groupes de travail de l'ADEA cultivent eux aussi le dialogue sur les politiques, autour de priorités éducatives identifiées comme telles par les pays africains.

Ils apportent à l'ADEA une perspective irremplaçable sur des questions spécifiques. Ils entreprennent un travail exploratoire et cherchent des voies pour améliorer la performance du secteur dans leurs domaines respectifs. Structurés et gérés selon des modalités différentes, les groupes de travail mènent en général des activités de recherche, de renforcement des capacités, de plaidoyer et de réseautage.

L'ADEA fonctionne actuellement avec onze groupes de travail. Le pilotage en est assuré par des organismes de développement, des ministères africains de l'éducation ou d'autres organisations africaines. La coordination des activités relève parfois d'une agence spécialisée, telle l'UNESCO, ou d'une institution africaine. Ces groupes de travail (dont l'organisme leader et/ou coordonnateur est mentionné entre parenthèses) œuvrent dans les domaines suivants :

- l'analyse sectorielle en éducation (piloté par UNESCO - IIPE) ;
- la communication pour l'éducation et le développement (piloté par l'Agence norvégienne de développement [Norad], et coordonné à partir du Centre ouest-africain des médias et du développement [WANAD], basé à Cotonou, Bénin);
-le développement de la petite enfance (piloté par le ministère des Affaires étrangères des Pays-Bas) ;
-l'éducation non formelle (piloté par la Direction du développement et de la coopération [DDC], Suisse, en collaboration avec l'UNESCO) ;
-l'enseignement à distance et l'apprentissage libre (piloté par le ministère de l'Education de Maurice et le BREDA) ;
- l'enseignement supérieur (piloté par l'Association des universités africaines [AUA], à Accra) ;
-les finances et l'éducation (coordonné par le CODESRIA, à Dakar) ;
-les livres et le matériel éducatif (piloté par le Department for International Development [DFID], Royaume-Uni et coordonné à partir de READ, Johannesburg) ;
-la profession enseignante (piloté par Secrétariat du Commonwealth) ;
-les statistiques de l'éducation (piloté par le ministère des Affaires étrangères des Pays-Bas et coordonné par l'UNESCO Harare et Dakar) ;
-l'enseignement des mathématiques et des sciences (piloté par le ministère de l'Education, des Sciences et de la Technologie du Kenya et l'Agence japonaise de coopération internationale (JICA) et coordonné par l'Association pour le renforcement des mathématiques et des sciences en Afrique de l'Ouest, de l'Est, centrale et australe (SMASSE-WECSA).

Les activités de l'ancien groupe de travail sur la participation féminine (GTPF) ont été absorbées au sein du Forum des éducatrices africaines (FAWE) qui continue d'être impliqué dans les activités de l'ADEA en tant que groupe de travail émancipé et membre associé.